Στο μπολ βάζω τα φιλέτα κοτόπουλου μαζί με 4 κουταλιές σούπας ελαιόλαδο, το χυμό λεμονιού και πορτοκαλιού, το λευκό κρασί, τη μουστάρδα, το γιαούρτι και τα μπαχαρικά αλάτι, πιπέρι, ρίγανη, θυμάρι, καπνιστή πάπρικα, το σκόρδο, τα ανακατεύω πολύ καλά, σκεπάζω με μεμβράνη και βάζω το ψυγείο για 2 ώρες τουλάχιστον ή ιδανικά όλη τη νύχτα.

Μουλιάζω στο νερό τα ξυλάκια και κόβω τις πιπεριές σε μεγάλα τετράγωνα περίπου κομμάτια και ανοίγω τα φύλλα του ½ κρεμμυδιού.

Περνάω στα ξυλάκια εναλλάξ το κοτόπουλο με τα λαχανικά (τις πιπεριές και το κρεμμύδι), όχι σφιχτά. Σε κάθε ξυλάκι βάζω από 1 φέτα πιπεριά πράσινη, κίτρινη και 1 φέτα κρεμμύδι.

Βάζω στο ταψί νερό να καλύψει τον πάτο, από πάνω τη σχάρα, την αλείφω με ελαιόλαδο και τοποθετώ σε αυτή τα κοντοσούβλια.

Ψήνω σε προθερμασμένο φούρνο, στους 200°C, στις αντιστάσεις για περίπου 25 λεπτά, μόλις πάρουν χρώμα είναι έτοιμα, τα βγάζω και σερβίρω με πατάτες.